oquat

mondo

This document details the invalid local unique identifiers used in CURIEs for node, synonym, and definition cross-references in mondo. See the GitHub repository.

DO: Human Disease Ontology

Overall, there were 1 invalid xrefs to external prefixed with DO (standardized to Bioregistry prefix doid) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
DO:wk,ls	1	MONDO:0000275

DOID: Human Disease Ontology

Overall, there were 1 invalid xrefs to external prefixed with DOID (standardized to Bioregistry prefix doid) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
DOID:RELATED	1	MONDO:0010962

GARD: Genetic and Rare Diseases Information Center

Overall, there were 1 invalid xrefs to external prefixed with GARD (standardized to Bioregistry prefix gard) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
GARD:0003995-def	1	MONDO:0044749

ICD11: International Classification of Diseases, 11th Revision

Overall, there were 1 invalid xrefs to external prefixed with ICD11 (standardized to Bioregistry prefix icd11) that did not match the standard pattern ^[1-9]\d*$.

external_xref	usages_count	usages
ICD11:LD08.1	1	MONDO:0020066

ICD9: International Classification of Diseases, 9th Revision

Overall, there were 31 invalid xrefs to external prefixed with ICD9 (standardized to Bioregistry prefix icd9) that did not match the standard pattern ^(\d\d\d|V\d\d|E[8-9]\d\d)(\.\d{1,2})?$.

external_xref	usages_count	usages
ICD9:520-579.99	2	MONDO:0004335, MONDO:0005020
ICD9:001-009.99	1	MONDO:0000916
ICD9:614-616.99	1	MONDO:0000922
ICD9:110-118.99	1	MONDO:0002041
ICD9:610-612.99	1	MONDO:0002657
ICD9:600-608.99	1	MONDO:0003150
ICD9:240-246.99	1	MONDO:0003240
ICD9:350-359.99	1	MONDO:0003620
ICD9:230-234.99	1	MONDO:0004647
ICD9:120-129.99	1	MONDO:0004664
ICD9:390-459.99	1	MONDO:0004995
ICD9:420-429.99	1	MONDO:0004995
ICD9:490-496.99	1	MONDO:0005002
ICD9:410-414.99	1	MONDO:0005010
ICD9:560-569.99	1	MONDO:0005020
ICD9:570-579.99	1	MONDO:0005020
ICD9:401-405.99	1	MONDO:0005044
ICD9:140-239.99	1	MONDO:0005070
ICD9:290-299.99	1	MONDO:0005084
ICD9:460-519.99	1	MONDO:0005087
ICD9:500-508.99	1	MONDO:0005087
ICD9:510-519.99	1	MONDO:0005087
ICD9:060-066.99	1	MONDO:0005108
ICD9:042-042.99	1	MONDO:0005109
ICD9:210-229.99	1	MONDO:0005165
ICD9:280-289.99	1	MONDO:0005570
ICD9:540-543.99	1	MONDO:0005649
ICD9:430-438.99	1	MONDO:0011057
ICD9:390-392.99	1	MONDO:0017767
ICD9:209-209.99	1	MONDO:0019496

ICD9CM: International Classification of Diseases, 9th Revision, Clinical Modification

Overall, there were 2 invalid xrefs to external prefixed with ICD9CM (standardized to Bioregistry prefix icd9cm) that did not match the standard pattern ^([\dA-Z]\d{2}(\.\d{1,3}|))|(\d{2}(\.\d{1,2}|))$.

external_xref	usages_count	usages
ICD9CM:280-289.99	1	MONDO:0005570
ICD9CM:390-392.99	1	MONDO:0017767

ICDO: International Classification of Diseases for Oncology

Overall, there were 9 invalid xrefs to external prefixed with ICDO (standardized to Bioregistry prefix icdo) that did not match the standard pattern ^[8-9]\d{3}(/[0-3])?$.

external_xref	usages_count	usages
ICDO:0000/0	3	MONDO:0003011, MONDO:0006131, MONDO:0006397
ICDO:8800/9	1	MONDO:0004309
ICDO:M9861/3	1	MONDO:0004996
ICDO:981-983	1	MONDO:0005402
ICDO:8480/6	1	MONDO:0017048
ICDO:8010/6	1	MONDO:0024879
ICDO:8000/6	1	MONDO:0024883

IEDB: Immune Epitope Database

Overall, there were 1 invalid xrefs to external prefixed with IEDB (standardized to Bioregistry prefix iedb) that did not match the standard pattern ^[0-9]+$.

external_xref	usages_count	usages
IEDB:RV	1	MONDO:0025518

MedDRA: Medical Dictionary for Regulatory Activities Terminology

Overall, there were 2 invalid xrefs to external prefixed with MedDRA (standardized to Bioregistry prefix meddra) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
MedDRA:C0023462	1	MONDO:0018872
MedDRA:C1535926	1	MONDO:0700092

MESH: Medical Subject Headings

Overall, there were 6 invalid xrefs to external prefixed with MESH (standardized to Bioregistry prefix mesh) that did not match the standard pattern ^(C|D)\d{6,9}$.

external_xref	usages_count	usages
MESH:1622152	2	MONDO:0000890, MONDO:0000890
MESH:D018382-modified	1	MONDO:0001328
MESH:D014077-modified	1	MONDO:0002325
MESH:D014253-modified	1	MONDO:0005995
MESH:D014323-modified	1	MONDO:0005998

MONDO: Mondo Disease Ontology

Overall, there were 18,630 invalid xrefs to external prefixed with MONDO (standardized to Bioregistry prefix mondo) that did not match the standard pattern ^\d{7}$.

external_xref	usages_count	usages
MONDO:Lexical	4562	MONDO:0000170, MONDO:0000200, MONDO:0000208, MONDO:0000902, MONDO:0000908, …
MONDO:patterns/disease_series_by_gene	3992	MONDO:0000764, MONDO:0000908, MONDO:0000908, MONDO:0000911, MONDO:0000911, …
MONDO:design_pattern	2884	MONDO:0000212, MONDO:0000212, MONDO:0000257, MONDO:0000270, MONDO:0000414, …
MONDO:patterns/location	2832	MONDO:0000236, MONDO:0000236, MONDO:0000242, MONDO:0000242, MONDO:0000253, …
MONDO:ambiguous	444	MONDO:0000063, MONDO:0000094, MONDO:0000106, MONDO:0000129, MONDO:0000138, …
MONDO:patterns/nonhuman_disease	349	MONDO:0700049, MONDO:0700050, MONDO:0700053, MONDO:0700056, MONDO:0700059, …
MONDO:patterns/specific_infectious_disease_by_agent	348	MONDO:0000276, MONDO:0000292, MONDO:0000294, MONDO:0000294, MONDO:0000295, …
MONDO:patterns/cancer	243	MONDO:0000376, MONDO:0000377, MONDO:0000380, MONDO:0000405, MONDO:0000612, …
MONDO:patterns/location_top	242	MONDO:0000270, MONDO:0000462, MONDO:0000462, MONDO:0000469, MONDO:0000470, …
MONDO:patterns/neoplasm	234	MONDO:0000921, MONDO:0000933, MONDO:0001236, MONDO:0001406, MONDO:0001420, …
MONDO:patterns/hereditary	227	MONDO:0000044, MONDO:0000700, MONDO:0000995, MONDO:0001115, MONDO:0001336, …
MONDO:cjm	222	MONDO:0000050, MONDO:0000107, MONDO:0000127, MONDO:0000129, MONDO:0000136, …
MONDO:patterns/rare	154	MONDO:0015076, MONDO:0015076, MONDO:0015108, MONDO:0015112, MONDO:0015112, …
MONDO:patterns/inflammatory_disease_by_site	130	MONDO:0000261, MONDO:0000261, MONDO:0000409, MONDO:0000497, MONDO:0000739, …
MONDO:patterns/carcinoma	114	MONDO:0000380, MONDO:0000521, MONDO:0000552, MONDO:0001502, MONDO:0001602, …
MONDO:patterns/chronic	99	MONDO:0000492, MONDO:0000492, MONDO:0001007, MONDO:0001007, MONDO:0001014, …
MONDO:patterns/inborn_metabolic	98	MONDO:0000155, MONDO:0000155, MONDO:0000351, MONDO:0000351, MONDO:0000421, …
MONDO:patterns/autosomal_dominant	90	MONDO:0000426, MONDO:0000426, MONDO:0004691, MONDO:0004691, MONDO:0007086, …
MONDO:patterns/acquired	90	MONDO:0001198, MONDO:0001198, MONDO:0001296, MONDO:0001296, MONDO:0001828, …
MONDO:LexicalVariant	83	MONDO:0000710, MONDO:0000906, MONDO:0001049, MONDO:0001224, MONDO:0001252, …
MONDO:patterns/autosomal_recessive	81	MONDO:0000212, MONDO:0002014, MONDO:0006025, MONDO:0006025, MONDO:0008406, …
MONDO:patterns/basis_in_disruption_of_process	80	MONDO:0002145, MONDO:0002459, MONDO:0002459, MONDO:0003832, MONDO:0005066, …
MONDO:patterns/acute	79	MONDO:0000222, MONDO:0000222, MONDO:0000257, MONDO:0000257, MONDO:0000990, …
MONDO:patterns/childhood	71	MONDO:0000414, MONDO:0002505, MONDO:0002540, MONDO:0002623, MONDO:0002685, …
MONDO:patterns/isolated	69	MONDO:0000062, MONDO:0000062, MONDO:0000509, MONDO:0000509, MONDO:0000722, …
MONDO:patterns/inherited_susceptibility	69	MONDO:0007454, MONDO:0007573, MONDO:0009100, MONDO:0010861, MONDO:0010862, …
MONDO:patterns/infectious_disease_by_agent	68	MONDO:0000276, MONDO:0000290, MONDO:0000290, MONDO:0000292, MONDO:0000298, …
MONDO:patterns/syndromic	64	MONDO:0000508, MONDO:0000508, MONDO:0002254, MONDO:0009105, MONDO:0015150, …
MONDO:patterns/allergy	62	MONDO:0000606, MONDO:0000606, MONDO:0000772, MONDO:0000772, MONDO:0000773, …
MONDO:patterns/genetic	62	MONDO:0007781, MONDO:0007781, MONDO:0009970, MONDO:0009970, MONDO:0013099, …
MONDO:patterns/adult	57	MONDO:0000814, MONDO:0000875, MONDO:0001907, MONDO:0002543, MONDO:0002676, …
MONDO:patterns/malignant	55	MONDO:0000377, MONDO:0000378, MONDO:0000379, MONDO:0000379, MONDO:0000407, …
MONDO:patterns/carcinoma_in_situ	53	MONDO:0000371, MONDO:0000372, MONDO:0000373, MONDO:0000373, MONDO:0000374, …
MONDO:patterns/x_linked	52	MONDO:0000425, MONDO:0000425, MONDO:0010222, MONDO:0010222, MONDO:0010248, …
MONDO:patterns/sarcoma	49	MONDO:0001204, MONDO:0001374, MONDO:0001387, MONDO:0001418, MONDO:0001501, …
MONDO:patterns/benign	34	MONDO:0000638, MONDO:0000638, MONDO:0000654, MONDO:0002065, MONDO:0002373, …
MONDO:patterns/chromosome_type	24	MONDO:0020583, MONDO:0700008, MONDO:0700009, MONDO:0700010, MONDO:0700011, …
MONDO:patterns/neuroendocrine_neoplasm	20	MONDO:0002477, MONDO:0002481, MONDO:0002485, MONDO:0002882, MONDO:0002883, …
MONDO:patterns/allergic_form_of_disease	14	MONDO:0000771, MONDO:0000771, MONDO:0004784, MONDO:0004784, MONDO:0004980, …
MONDO:patterns/congenital	14	MONDO:0000577, MONDO:0001902, MONDO:0001902, MONDO:0004527, MONDO:0004527, …
MONDO:patterns/specific_inflammatory_disease_by_site	13	MONDO:0000252, MONDO:0000271, MONDO:0000709, MONDO:0000916, MONDO:0001537, …
MONDO:patterns/autoimmune	13	MONDO:0000587, MONDO:0000774, MONDO:0015939, MONDO:0018242, MONDO:0019098, …
MONDO:patterns/neuroendocrine_neoplasm_grade1	12	MONDO:0000540, MONDO:0006091, MONDO:0006093, MONDO:0006126, MONDO:0006155, …
MONDO:patterns/OMIM_disease_series_by_gene	11	MONDO:0007617, MONDO:0014914, MONDO:0032702, MONDO:0032770, MONDO:0033492, …
MONDO:patterns/patterns/poisoning	9	MONDO:0100331, MONDO:0100335, MONDO:0800373, MONDO:0800384, MONDO:0800385, …
MONDO:patterns/environmental_stimulus	8	MONDO:0001000, MONDO:0001540, MONDO:0005425, MONDO:0006654, MONDO:0006688, …
MONDO:patterns/infantile	7	MONDO:0000212, MONDO:0015804, MONDO:0015804, MONDO:0017354, MONDO:0019190, …
MONDO:patterns/disease_by_dysfunctional_structure	6	MONDO:0001343, MONDO:0001343, MONDO:0004880, MONDO:0004880, MONDO:0100311, …
MONDO:patterns/susceptibility_by_gene	5	MONDO:0014680, MONDO:0100183, MONDO:0100231, MONDO:0100231, MONDO:0700042
MONDO:patterns/rare_genetic	5	MONDO:0015107, MONDO:0015513, MONDO:0015955, MONDO:0015972, MONDO:0015972
MONDO:patterns/y_linked	4	MONDO:0000428, MONDO:0000428, MONDO:0010761, MONDO:0010761
MONDO:patterns/disrupts_process	3	MONDO:0056803, MONDO:0100277, MONDO:0100306
MONDO:patterns/inborn_metabolic_disrupts	3	MONDO:0019688, MONDO:0100188, MONDO:0100304
MONDO:pr	2	MONDO:0002014, MONDO:0007524
MONDO:patterns/idiopathic	2	MONDO:0600023, MONDO:0700007
MONDO:patterns/monosomy	2	MONDO:0700035, MONDO:0700035
MONDO:patterns	1	MONDO:0000263
MONDO:nv	1	MONDO:0003832
MONDO:patterns/juvenile	1	MONDO:0100037
MONDO:patterns/disease-like	1	MONDO:0100365
MONDO:patterns/realized_in_response_to_evironmental_exposure	1	MONDO:0100366
MONDO:patterns/specific_disease_by_disrupted_process	1	MONDO:0100372
MONDO:pattterns/disease_series_by_gene	1	MONDO:0100436
MONDO:patterns/trisomy	1	MONDO:0700126
MONDO:design_patterns	1	MONDO:0007256
MONDO:LexicalPattern	1	MONDO:0024325
MONDO:equivalentTo	1	MONDO:0100087

NCIT: NCI Thesaurus

Overall, there were 1,590 invalid xrefs to external prefixed with NCIT (standardized to Bioregistry prefix ncit) that did not match the standard pattern ^C\d+$.

external_xref	usages_count	usages
NCIT:P378	1585	MONDO:0000158, MONDO:0000190, MONDO:0000327, MONDO:0000328, MONDO:0000372, …
NCIT:C128346-modified	1	MONDO:0005429
NCIT:C3131-modified	1	MONDO:0021094
NCIT:C84543-modified	1	MONDO:0043209
NCIT:C9438-modified	1	MONDO:0024327
NCIT:C92189-variant	1	MONDO:0024332

NIFSTD: NIF Standard Ontology

Overall, there were 18 invalid xrefs to external prefixed with NIFSTD (standardized to Bioregistry prefix nif.std) that did not match the standard pattern ^BAMSC\d+$.

external_xref	usages_count	usages
NIFSTD:birnlex_2092	1	MONDO:0004975
NIFSTD:birnlex_12566	1	MONDO:0004976
NIFSTD:birnlex_12754	1	MONDO:0004985
NIFSTD:birnlex_406	1	MONDO:0004992
NIFSTD:birnlex_12718	1	MONDO:0005027
NIFSTD:birnlex_12617	1	MONDO:0005033
NIFSTD:birnlex_12633	1	MONDO:0005035
NIFSTD:birnlex_12631	1	MONDO:0005072
NIFSTD:birnlex_12669	1	MONDO:0005084
NIFSTD:birnlex_2104	1	MONDO:0005090
NIFSTD:birnlex_12783	1	MONDO:0005098
NIFSTD:birnlex_12733	1	MONDO:0005115
NIFSTD:nlx_dys_20090303	1	MONDO:0005139
NIFSTD:birnlex_12679	1	MONDO:0005146
NIFSTD:birnlex_12812	1	MONDO:0005150
NIFSTD:birnlex_2098	1	MONDO:0005180
NIFSTD:nlx_dys_20090502	1	MONDO:0008608
NIFSTD:nlx_dys_20090302	1	MONDO:0011122

OMIM: Online Mendelian Inheritance in Man

Overall, there were 2,059 invalid xrefs to external prefixed with OMIM (standardized to Bioregistry prefix omim) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
OMIM:genemap2	2059	MONDO:0000912, MONDO:0000914, MONDO:0001056, MONDO:0001187, MONDO:0002009, …

Orphanet: Orphanet

Overall, there were 4 invalid xrefs to external prefixed with Orphanet (standardized to Bioregistry prefix orphanet) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
Orphanet:189427-definition	2	MONDO:0009049, MONDO:0020735
Orphanet:189-text	1	MONDO:0007510
Orphanet:890-text	1	MONDO:0019514

PMID: PubMed

Overall, there were 1 invalid xrefs to external prefixed with PMID (standardized to Bioregistry prefix pubmed) that did not match the standard pattern ^\d+$.

external_xref	usages_count	usages
PMID:PMID%3A+19243607	1	MONDO:0008644

UMLS: Unified Medical Language System Concept Unique Identifier

Overall, there were 2,678 invalid xrefs to external prefixed with UMLS (standardized to Bioregistry prefix umls) that did not match the standard pattern ^C\d+$.

external_xref	usages_count	usages
UMLS:CN228161	1	MONDO:0000023
UMLS:CN228622	1	MONDO:0000049
UMLS:CN239360	1	MONDO:0000060
UMLS:CN357508	1	MONDO:0000065
UMLS:CN239267	1	MONDO:0000090
UMLS:CN160484	1	MONDO:0000107
UMLS:CN227089	1	MONDO:0000110
UMLS:CN201349	1	MONDO:0000133
UMLS:CN262497	1	MONDO:0000148
UMLS:CN236791	1	MONDO:0000166
UMLS:CN228419	1	MONDO:0000170
UMLS:CN239483	1	MONDO:0000171
UMLS:CN228400	1	MONDO:0000172
UMLS:CN262500	1	MONDO:0000173
UMLS:CN228621	1	MONDO:0000182
UMLS:CN228160	1	MONDO:0000192
UMLS:CN200166	1	MONDO:0000193
UMLS:CN238807	1	MONDO:0000209
UMLS:CN203398	1	MONDO:0000212
UMLS:CN238808	1	MONDO:0000213
UMLS:CN282827	1	MONDO:0000218
UMLS:CN206047	1	MONDO:0000330
UMLS:CN221583	1	MONDO:0000358
UMLS:CN201467	1	MONDO:0000359
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